La defensa de la costa es otro apartado que muestra los aspectos más importantes de la fortificación costera en el siglo XVI: el Castillo-Fortaleza y las Torres de vigia se enmarcan en un contexto histórico, por medio de maquetas y material gráfico, al que acompaña una selección de materiales procedentes de la Fortaleza, que se han recuperado durante los trabajos de rehabilitación.

Las artes de la mar es otro de los temas más destacados del Museo. Aspectos como la pesca, la vela, la propulsión, la carpintería de ribera, navegación y maniobra, junto con una sala dedicada a las Salinas, completan la exposición que tiene el Mar como hilo conductor y eje fundamental de la actividad y la economía de Santa Pola.